تهدف المؤسسة إلى المساهمة الفعالة في انجاز خطط الدولة وتنفيذ مهامها في مجال إنشاء وتطوير وتجهيز الموانئ التابعة لها وتشغيلها والارتقاء بمستوى خدماتها باعتماد أساليب الإدارة الاقتصادية والتجارية الحديثة .